Objective: Today, it is possible to predict the physical
characteristics of the individuals from their biological remains found
in the crime scene, in cases where suspects are absent, or in the identification
of the mass disaster victims. Externally visible characteristics
(such as eye, hair, skin color) (EVCs) can be determined using SNP
(Single Nucleotide Polymorphism) markers. HIrisPlex panel by Walsh
et al., contains 24 SNP loci, can be used to predict eye and hair color
with high probabilities. The aim of this study is to perform optimization
and validation studies of the HirisPlex panel using the minisequencing
(SnaPshot) method for its application in our laboratory. Material and
Methods: The positive control DNA samples, and DNA samples belonging
to six individuals are included in the optimization and validation
studies. The SNaPshot kit (Thermo Fisher Scientific)
minisequencing method is applied for the detection of the HIrisPlex
panel SNPs. Samples were run and analyzed on the ABI 310 Genetic
Analyzer instrument. In the validation of the HIrisPlex panel, the analysis
threshold, sensitivity, repeatability, and reproducibility were studied.
We also compared the genotype results obtained from the next
generation sequencing (NGS) and capillary electrophoresis. The multinominal
logistic regression model (https://hirisplex.erasmusmc.nl/) is
used for hair and eye color prediction. Results: In the validation of the
study, the sensitivity limit is determined as 0.25 ng and 110 RFU
(LOD). The same genotypes were obtained from the reproducibility
and reproducibility studies. The observed allele sizes varied on two capillary
electrophoresis devices (ABI 310 and ABI 3130). No genotypes
difference detected between NGS and capillary electrophoresis methods.
The predicted eye and hair color of the study samples are compatible
with the known eye and hair colors except XY5. Conclusion:
Optimization and validation studies of HIrisPlex panel have been successfully
carried out under the most favorable working conditions in
our laboratory.
Amaç: Günümüzde olay yerinden gelen biyolojik örneklerin kimliklendirilmesinde,
şüphelilerin bulunamadığı vakalarda veya toplu felaket
kurbanlarının kimliklerinin belirlenmesinde, biyolojik kalıntılardan
kişilerin fiziksel karakterini belirlemek mümkün hâle gelmiştir. Tek nükleotid
polimorfizmi [single nucleotide polymorphism (SNP)] belirteçleri
ile kişinin dış görünüşüne ait bazı fiziksel özellikleri [Externally visible
characteristics (EVCs)] (göz, saç, ten rengi gibi) belirlenebilmektedir.
Walsh ve ark. tarafından geliştirilen 24 SNP lokusu içeren HIrisPlex paneli
ile göz ve saç rengini yüksek olasılıkla tahmin etmek mümkündür.
Bu çalışmanın amacı, HIrisPlex panelinin mini sekanslama (SNaPshot)
yöntemiyle optimizasyon ve validasyon çalışmasını yaparak laboratuvarımızda
çalışılmasını sağlamaktır. Gereç ve Yöntemler: Optimizasyon
ve validasyon çalışmalarında pozitif kontrol DNA örnekleri ve 6 bireye ait
DNA örnekleri kullanıldı. HIrisPlex panelinin SNP belirteçlerinin belirlenmesi
için mini sekanslama yönteminde SNaPshot kiti (Thermo Fisher
Scientific) uygulandı. Örnekler ABI 310 Genetik Analizör cihazında yürütüldü
ve analiz edildi. HIrisPlex panelinin validasyonunda analiz eşiği,
hassasiyet, tekrarlanabilirlik ve tekrar üretilebilirlik parametreleri çalışıldı.
Çalışmamızda yeni nesil sekanslama [next generation sequencing
(NGS)] yönteminden ve kapiller elektroforezden elde edilen genotip sonuçların
karşılaştırılması yapıldı. Saç ve göz rengi tahmininde, multinominal
lojistik regresyon modeli (https://hirisplex.erasmusmc.nl/)
kullanıldı. Bulgular: Çalışmanın validasyonunda hassasiyet limiti 0,25
ng ve 110 rölatif floresan ünitesi olarak belirlendi (LOD). Tekrarlanabilirlik,
tekrar üretilebilirlik çalışmalarının sonuçlarında aynı genotipler
elde edildi. İki farklı kapiller elektroforez cihazında (ABI 310 ve ABI
3130) gözlenen alellerin uzunlukları arasındaki farklar belirlendi. NGS
yöntemi ile kapiller elektroforez sonucu elde edilen genotipler arasında
farklılık saptanmadı. Çalışılan örneklerin bilinen göz ve saç renkleri ile
bu çalışma sonucunda yapılan tahminlerinin XY5 örneği haricinde
uyumlu olduğu görüldü. Sonuç: Araştırma sonucunda, HIrisPlex panelinin
optimizasyon ve validasyon çalışması başarı ile gerçekleştirilerek
laboratuvarımızda en uygun çalışma koşulları belirlenmiştir.
