Akademik Veri Yönetim Sistemi
XVI. ULUSAL VETERİNER HEKİMLERİ MİKROBİYOLOJİ KONGRESİ (ULUSLARARASI KATILIMLI), İzmir, Türkiye, 25 - 28 Ekim 2024, ss.109-110, (Özet Bildiri)
Giriş: Fermente sıvı sektörü sağlığa katkısı nedeniyle tüm dünyada gelişmektedir.
Amaç: Farklı üretim süreçlerine sahip ürünlerimizin mikrobiyal çeşitliliğini araştırırken; bu bakteri popülasyonunun probiyotik içeriğini
ortaya çıkarmayı amaçladık, bu nedenle bu çalışma ticari fermente sıvıların iddia ettikleri probiyotikleri içerip içermediği ve hazır
tüketime sunulan ürünlerin ne kadar güvenilir olduğu konusunda daha derin bir anlayışa katkıda bulunacaktır.
Gereç ve Yöntem: Türkiye’nin çeşitli şehirlerindeki perakende ve online mağazalardan doğrudan dört farklı hardaliye markası ve beş
farklı kombucha, şalgam suyu, üzüm sirkesi ve turşu suyu markası toplandı. Her markanın farklı şişelerinden dört alt örnek alındı;
böylece analiz edilmek üzere toplam 96 örnek toplandı. 96 örneğin DNA ekstraksiyonları MagAttract HMW DNA Kiti (Qiagen®, Hilden,
Almanya) kullanılarak gerçekleştirildi. Daha sonra kuyruklu 27F ve 1492R evrensel primerler kullanılarak 16S PCR gerçekleştirildi.
Flow Cell MinION (Nanopore®) cihazına yerleştirilen MinKNOW programında 24 saatlik dizileme protokolü gerçekleştirildi. Son adım
olarak, veri yönetimi ve analizi Minitab ve R programları kullanılarak gerçekleştirildi.
Bulgular: Paenibacillus, Lentibacillus, Bacillus, Enterococcus, Levilactobacillus ve Oenococcus, potansiyel probiyotikler olarak
gözlemlenen en bol bakteri cinsleriydi. Ayrıca bitki büyümesini teşvik eden biyokontrolcü bakterilerle de karşılaşmamız, bu
organizmaların gıdalarda yaygın olarak kullanıldığını göstermekte ve halk sağlığı açısından değerlendirilmelerinin gerekliliğini
vurgulamaktadır. Tarımdaki potansiyel uygulamaları uzun vadede gıda hijyeni ve insan sağlığı için tehlike oluşturabilir, bu nedenle
verilerimiz bunun değerlendirilmesi gerektiğini göstermektedir.
Tartışma ve Sonuç: Bazı ürünlerimizdeki probiyotik çeşitliliğinin beklendiği kadar yüksek olmadığı belirlendi. Bu sonuçların diğer
çalışmalara ışık tutacağını ve bunun halk sağlığı açısından önemli olabileceğini düşünüyoruz çünkü bir ürünün faydalı olabilmesi için
canlı bakteri veya probiyotiklerin yeterli sayıda bulunması gerekiyor. Bu nedenle bu ürünlerde daha yüksek probiyotik değerleriyle
karşılaşmak ve LAB ve probiyotiklerin stabilitesini ve canlılığını sağlamak için bazı yeni üretim ve depolama teknikleri geliştirilmelidir.
Pandemi döneminde online satışlar da artmıştır. Bunu göz önünde bulundurarak markalar arasında proses farklılıkları olduğu
için ticari ürünlerin kontrol prosedürlerinin veya denetimlerinin arttırılmasını öneriyoruz. Ayrıca bu çalışma pastörizasyonun gıda
koruyucularından daha büyük bir antimikrobiyal etkiye sahip olabileceğini ve geniş mikrobiyal bileşime sahip olmanın ürünün mutlaka
yüksek konsantrasyonda probiyotik içerdiği anlamına gelmediğini göstermiştir. Her bir ürünün mikrobiyal içeriğinin aynı olmadığı
gözlemlenmiştir. Her bir bakterinin vücuttaki rollerinin farklı olduğu bilinmektedir. Bu nedenle diyetimize farklı fermente sıvı ürünler
eklemenin faydalı olduğunu düşünüyoruz.
Anahtar Kelimeler: Metagenom, mikrobiyom, fermente, bitki büyümesinin teşviki, probiyotikler
Introduction: The fermented liquid sector is developing all over the world due to its contribution to health.
Aim: While investigating the microbial diversity of our products, which have different production processes; we aimed to reveal the
probiotic content of this bacterial population, so this work will contribute to a deeper understanding of whether commercial fermented
liquids contain the probiotics they claim and how reliable the ready-to-eat products are.
Material and Method: Four different brands of hardaliye and five different brands of kombucha, shalgam juice, grape vinegar, and
pickle juice were directly collected from retail and online stores in several cities in Türkiye. four subsamples were taken from different
bottles of each brand; thus, a total of 96 samples were collected to be analyzed. The DNA extractions of 96 samples were carried
out using the MagAttract HMW DNA Kit (Qiagen®, Hilden, Germany). Then 16S PCR was performed using tailed 27F and 1492R
universal primers. A 24-h sequencing protocol was performed in the MinKNOW program which was placed on the Flow Cell MinION
(Nanopore®) device. As a final step, the data management and analysis were performed using the Minitab and R programs.
Results: Paenibacillus, Lentibacillus, Bacillus, Enterococcus, Levilactobacillus, and Oenococcus were the most abundant bacterial
genera observed as potential probiotics. The fact that also we encounter biocontroller bacteria that promote plant growth demonstrates
that these organisms are widely used in foods and emphasizes the necessity of evaluating them in terms of public health. Their
potential applications in agriculture may pose a danger to food hygiene and human health in the long term, so our data suggest that
this should be evaluated.
Discussion and Conclusions: It was determined that the probiotic diversity in some of our products was not as high as expected.
We think that these results will shed light on other studies and this may be important for the public’s health because live bacteria
or probiotics must be present in sufficient numbers for a product to be beneficial. Therefore, some new production and storage
techniques should be developed in order to encounter higher probiotic values in these products and to ensure the stability and viability
of LAB and probiotics. Online sales have also increased during the pandemic period. With that in mind, we recommend increasing
the control procedures or audits of commercial products since there are process differences between brands. Furthermore, this work
demonstrated that pasteurization may have a larger antimicrobial impact than food preservatives and that having a diverse microbial
composition does not necessarily imply that the product contains a high concentration of probiotics. It has been observed that the
microbial content of each product is not the same. It is known that the roles of each bacterium in the body are different. Therefore, we
suggest that it is beneficial to include different fermented liquid products in our diet.
Keywords: Metagenome, microbiome, fermented, plant growth promotion, probiotics