Amaç: “Yeni nesil genetik belirteçler” olarak da bilinen insersiyon/delesyonlar (InDel), kısa tekrar dizilerilerine [short tandem repeats (STRs)] ve tek nükleotid polimorfizmlerine [single nucleotide
polymorphisms (SNP)] alternatif bir belirteç olabilir. InDel belirteçleri,
STR’ler ve SNP’ler ile birlikte kullanıldığında, daha doğru bir biyocoğrafik soy analizi yapılabilir. Bu çalışmanın amacı, Türkiye popülasyonundaki 46 AIM-InDel lokusunun biyocoğrafik soy tahmini
yapmak için kullanılabilecek alel frekanslarını belirlemektir. Bunun
yanı sıra Türkiye popülasyonu sonuçlarını diğer popülasyonlarla da
karşılaştırılmaktır. Gereç ve Yöntemler: 148 Türkiyeli gönüllüde 46
AIM-InDel lokusu çalışıldı. Alel frekansları, Hardy Weinberg dengesi
ve ikili FST değerleri Arlequin ver.3.5 kullanılarak hesaplandı. Biyocoğrafik soy, Structure 2.3.4 kullanılarak analiz edildi. Snipper Programı ile de bireysel bazda biyocoğrasif soy tahmini yapıldı. Bulgular:
En düşük genetik uzaklık Türkiye popülasyonu ile Avrupa, Orta Doğu
ve Orta Güney Asya popülasyonları arasında gözlendi. Genetik mesafe
arttıkça Türkiye ile Afrika ve Doğu Asya popülasyonları arasında daha
net genetik farklılıklar gözlemlendi. Sonuç: Çalışma, Türkiye’nin popülasyon yapısını anlama konusunda yeni InDel verileri sunmaktadır.
Bu, adli araştırmalarda ve moleküler antropolojide faydalı olabilir.
Objective: Insertion/deletion (InDels), also known as
“new generation genetic markers” can be an alternative to short tandem repeats (STRs) and single nucleotide polymorphisms (SNPs).
Identification and inference of biogeographical ancestry analysis can
be more accurate when InDels are used with STRs and SNPs. The aim
of this study is to determine the allele frequencies of 46 AIM-InDel
loci in Turkish population which can be used to infer biogeographical
ancestry. We also compare our population results with other populations. Material and Methods: 46 AIM-InDel loci were typed in 148
Turkish volunteers. Allele frequencies, Hardy Weinberg equilibrium
and pairwise FST values were calculated using Arlequin ver.3.5. Biogeographic ancestry was analyzed using Structure 2.3.4. Snipper program was used for individual based inference of biogeographical
ancestry. Results: The lowest genetic distance was observed between
Turkish population and European, Middle Eastern and Central South
Asian populations. When the genetic distance are longer, we observed
clearer differences between Turkish and African and East Asian populations. Conclusion: The study provides new InDel data on understanding population structure of Türkiye. This could be useful in
forensic investigations and as well as molecular anthropology.
