Akademik Veri Yönetim Sistemi
KLIMIK DERGISI, cilt.35, sa.2, ss.103-108, 2022 (ESCI, Scopus, TRDizin)
Amaç: Dünya Sağlık Örgütü (DSÖ) tarafından alfa (B.1.1.7), beta (B.1.351), gamma (P.1), delta (B.1.617.2) ve omicron (B.1.1.529) endişe verici varyantlar (“variants of concern – VOCs”) olarak sınıflandırılmıştır. Çalışmamızda, COVID-19 polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) testi pozitif saptanan hastalarda VOCs’un dağılımının geriye dönük olarak değerlendirilmesi amaçlandı.
Yöntemler: Nisan 2021-31 Aralık 2021 tarihleri arasında COVID-19 PCR test istemiyle klinik örnekleri gönderilen 4260 hasta çalışmaya dahil edildi. Örnekleri değerlendirilen hastaların 2173 (%51)’ü erkek 2087 (%49)’si kadındı. Nazofarengeal sürüntü, bronkoalveolar lavaj, trakeal aspirat örnekleri viral nükleik asit tamponu (vNAT) ile muamele edilerek viral nükleik asit izolasyonu gerçekleştirildi. SARS-CoV-2 varyantları; ORF1ab ve N gen bölgelerinin yanı sıra yalnızca B.1.1.7, B.1.351 ve P.1’de bulunan varyant spesifik genom bölgelerini de hedefleyen Bio-Speedy® SARS-CoV-2 Variant Plus kiti (Bioeksen AR-GE Teknolojileri, Türkiye) ile saptandı. Alfa varyantı tespiti için N D3L mutasyonunu, delta varyantının tespiti için S L452R mutasyonunu ve çoğunlukla gamma ve mu varyantlarında görülen S E484K mutasyonunu hedefleyen Bio-Speedy® SARS-CoV-2 Emerging Plus kiti (Bioeksen Ar-Ge Teknolojileri, Türkiye) ve CFX96 DX Real-Time PCR sistemleri (Bio-Rad Laboratories, ABD) kullanıldı.
Bulgular: Toplam 4260 örneğin 773 (%18.14)’ünde SARS-CoV-2 RT-PCR pozitifliği; pozitif örneklerin 316 (%40.88)’sında ise farklı SARS-CoV-2 varyantları saptandı. Gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (“real-time polymerase chain reaction – RT-PCR”) testi pozitif hastaların 407 (%52.65)’si kadın olup yaş ortalaması 41.7 idi. Hastaların 457 (%59.12)’sinde herhangi bir varyant tipi saptanmazken 156 (%20.18)’sında alfa, 137 (%17.72)’sinde delta varyantı saptandı.
Sonuç: Çalışmamızda, Nisan-Haziran döneminde alfa varyantının baskın olduğu, Temmuz ayından yıl sonuna kadar ise delta varyantının baskın hale geldiği tespit edildi. Kasım 2021’in sonlarına doğru azalan delta varyant oranları ve artan diğer varyant şüpheli olgular çoğu ülkede geniş yayılım gösteren omicron varyantını düşündürmektedir. Artış eğilimini göz önüne aldığımızda, ülkemizde Kasım 2021’den itibaren omicron varyantının baskın olduğunu tahmin etmekteyiz. Bu bağlamda epidemiyolojik veriler ışığında planlanmış, bölgesel ve küresel çapta varyantların sıklığını ve genomik analizlerini irdeleyen moleküler sürveyans çalışmalarının yapılması gerekmektedir.