Akademik Veri Yönetim Sistemi
3. Ulusal Viroloji Günleri, İstanbul, Türkiye, 18 - 20 Haziran 2021, cilt.1, ss.103, (Tam Metin Bildiri)
GİRİŞ VE AMAÇ
SARS-CoV-2 pandemisini kontrol altına alabilmek için moleküler tanı testlerinin yaygın ve etkin kullanımı halk sağlığının korunması açısından vazgeçilmezdir
(1,2). Bir yılı aşan süreyi geride bırakırken kaynakların tükenme noktasına gelmesi nedeniyle hem maliyetleri hem de ek eğitim, ekipman veya materyal
gerektirmeden işlem süresini düşürmesi açısından, örneklerin belli büyüklükteki havuzlar içinde gruplandırılarak çalışılması akılcı bir yöntem olarak karşımıza
çıkmaktadır (3,4). Bu çalışmada, transfüzyondan önce yapılan kan testlerinde ve geçmişteki diğer salgınlarda geniş kitlelerin taranmasında kullanılan havuzlama
stratejisinin (5), SARS CoV-2 testlerinin gerçekleştirilmesinde de kullanıp kullanılamayacağının değerlendirilmesi amaçlanmıştır.
YÖNTEM
Çalışmaya 12.02.2021-21.02.2021 tarihleri arasında, İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa Tıp Fakültesi COVID-19 Laboratuvarı’na SARS-CoV-2 varlığı araştırılmak
üzere gönderilen 2815 örnek dahil edildi. Örnekler tek başına ve her örnekten 100 µl alınarak oluşturulan ardışık 5’li havuzlar olarak, üç farklı SARS-CoV-2 RTPCR kiti ile laboratuvarımızda mevcut BioRAD CFX96™ Touch (Bio-Rad Laboratories Inc., ABD) platformunda çalışıldı.
BULGULAR
SARS-CoV-2 RNA pozitif (Ct:20) saptanmış örnekten hazırlanan seri dilüsyonların ekstraksiyonunu takiben yapılan RT-PCR çalışmasının standart eğrileri
değerlendirildi. Efficiency (E) değerlerine göre; her üç kitin de duyarlılıkları yüksek ve birbirine yakın olup, en yüksek Allplex™ 2019-nCoV Assay kiti N geninde
(E: %124), en düşük Double Gene™ RT-qPCR kiti N ve ORF 1ab genlerinde (E: %90) bulundu (Şekil 1,2).
Çalışmaya alınan örneklerden yalnız bir düşük viral yüklü pozitif örnek (Allplex™ E geni: 36.15 Ct, N geni: 36.16 Ct, RdRp geni: 39,61 Ct, GeneMAP™ RdRp geni:
38.25 Ct, N geni: 36.62 Ct ve SARS-CoV-2 Double Gene™ RT-qPCR kiti N ve ORF 1ab genleri: 38.55 Ct) içeren havuz negatif bulundu. Beşli havuzlama ve
sonrasında pozitif bulunan havuzların açılması ile harcanacak kit sayısı 827 olarak hesaplandı, tasarruf oranı %69.91 (1968/2815) bulundu (Şekil 3).
TARTIŞMA ve SONUÇ
Örneklerin havuzlanarak çalışılması, düşük pozitif örneklerin kaçırılmasını önlemek için RNA ekstraksiyon yöntemlerinin iyileştirilmesini ve RT-PCR test
duyarlılığının dikkatli izlemini gerektirir. Bu nedenle laboratuvarlar, kendi bölgelerindeki COVID-19'un yaygınlık oranına göre, kullanılan RNA ekstraksiyon ve
amplifikasyon sistemleri için kendi havuzlama validasyon çalışmalarını gerçekleştirmelidir. Bu çalışma ile, havuzlama stratejisinin, COVID-19 salgınının belirli
dönemlerinde sınırlı test kaynaklarının ve reaktiflerin etkisini genişletmek için etkili bir yaklaşım olduğu gösterilmiştir.