Yeni Nesil Dizileme Teknolojisinin (Next Generation Sequencing-NGS) Karışık Örneklerin (Mixtures) Analizine Uygulanması

---

Tezin Türü: Doktora

Tezin Yürütüldüğü Kurum: İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa, Adli Tıp ve Adli Bilimler Enstitüsü, Fen Bilimleri Anabilim Dalı, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2020

Tezin Dili: Türkçe

Öğrenci: Umut Kara

Danışman: Emel Hülya Yükseloğlu

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Birden fazla kişiden kaynaklanan karışık örneklerin analizi, adli genetiğin zorlu alanlarından biri olarak kabul edilmektedir. Yeni nesil dizileme teknolojilerindeki (Next Generation Sequence-NGS) ilerlemeler sayesinde geliştirilen yeni NGS platformlarının, hızlı, kolay ve en önemlisi tek reaksiyonda yüzlerce bölgenin aynı anda analizine imkan vermesi, karışık örneklerin SNP markırıyla analizine olanak tanımıştır. Bu tez çalışmasında, ikisi kadın dördü erkek cinsiyetli olmak üzere 6 farklı bireye ait DNA örnekleri ile bu 6 bireyden ikili gruplar oluşturarak (AB-CD-EF) çeşitli oranlarda (1:1, 1:3, 1:10, 1:20, 1:50) yapay olarak hazırlanmış ve toplam 20 örnek, 34 Y-SNP ve 90 otozomal SNP olmak üzere toplam 124 SNP bölgesi HID Identity paneli ile Ion Torrent PGM platformuyla analiz edilmiştir. Elde edilen sonuçların konvansiyonel yöntem olan kapiler elektroforez platformu ile karşılaştırılması amacıyla, aynı örnekler, Global Filer kiti ile kapiler elektroforez yöntemi ile analiz edilmiştir. Ion Torrent PGM platformuyla gerçekleştirilen SNP analizlerinde, tüm 1:1 ve 1:3 oranlarında, oldukça başarılı düzeyde minör alellere ait okuma sayıları ortalamaları elde edilmiştir. 1:10 oranından itibaren beklenen şekilde okuma sayısı ortalamaları düşmesine rağmen 1:50 oranında dahi minör alel tespit oranı %21,7 olarak gerçekleşmiştir. SNP analizine ait sonuçlar STR analizleri ile karşılaştırıldığında; SNP analizlerinin, karışık örnekte yer alan minör alele ait DNA miktarının düşük olduğu oranlarda STR analizlerine nazaran daha başarılı sonuçlar elde ettiği saptanmıştır. Tez çalışmamızda, Ion Torrent PGM platformu ile uyumlu olan ve 124 SNP bölgesini analiz eden HID Identity panelinin hızlı, kolay ve güvenilir sonuçlar verdiği ve karışık örneklerin analizinde başarıyla kullanılabileceği tespit edilmiştir. Ancak, karışık örneklerin analizinde daha başarılı sonuçlar elde etmek için yüksek okuma sayısı elde edilen SNP bölgelerinin arttırılması suretiyle panelin geliştirilmesi gerekmektedir.