Akademik Veri Yönetim Sistemi
Özen M. (Yürütücü), Batıoğlu Karaaltın A., Çomunoğlu N., Yılmaz Y. Z., Salman Yılmaz S., Seyhan S., et al.
TÜBİTAK Projesi, 1001 - Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Projelerini Destekleme Programı, 2025 - 2028
Skuamöz hücreli baş boyun kanserlerinden oral kavite kanserlerinin kapsamlı genomik incelenmesi ve yeni belirteçlerin araştırılması
Baş ve boyun kanserleri ağız boşluğu, hipofarenks, nazofarinks, orofarenks, dudak, tükürük bezleri, burun boşluğu, paranazal sinüsler, larinks dahil olmak üzere baş ve boyun bölgesindeki dokuları kapsayan bir grup maligniteyi ifade eder. Histolojik olarak yaklaşık %95’i skuamöz hücreli karsinomlardır (HNSCC). HNSCC dünya çapında kanserler arasında altıncı sıradadır. İnsidansı ülkelere göre farklılık göstermekle birlikte Dünya Sağlık Örgütü (WHO) Kanser İstatistikleri 2024 verilerine göre Amerika’da 2024 yılı oral kavite-farinks kanseri insidansı her iki cinsiyette toplam 58,450 olup tahmini ölüm oranı 12,230’dir. Globocan Kanser İstatistikleri 2022 verilerine göre ülkemizde oral kavite -farinks ve nazofarenks kanserlerinin insidansı %1.75; ölüm oranı %1.08 olarak bildirilmiştir. HNSCC'nin primer etiyolojisi insan papiloma virüsü (HPV), sigara tüketimi, alkol tüketimi ve Epstein-Barr virüsü (EBV) enfeksiyonu ile ilişkilidir. Yaş, cinsiyet, meslek, ilaçlar, radyasyon, genetik faktörler, immünolojik etkenler, kimyasal ajanlar, travma, kronik irritasyon gibi çeşitli faktörler de HNSCC oluşumunda etkilidir. Oral kavite SCC (OCSCC) temelde tütün ve tütün ürünlerinin kullanımı, alkol kullanımı ve genetik faktörlerle ilişkilendirilmiştir. Özellikle, son yıllarda genç yetişkinler arasında baş boyun kanserlerinin görülme sıklığı tüm dünya genelinde giderek artmaktadır. Tedavi seçenekleri arasında cerrahi, radyoterapi, kemoterapi, immunoterapi ve dördünün farklı kombinasyonları bulunmaktadır. Bu kapsamlı tedavi yöntemlerine rağmen 5 yıllık sağkalım oranı yaklaşık %65'tir. Gerek risk faktörlerinin yaygınlaşması gerek erken tanıdaki başarısızlıktan ileri evrede tanı alıyor olması gerekse klasik tedavilere rağmen nüks ve metastaz oranının yüksek olması prognozun çoğunlukla kötü olmasına neden olmaktadır. Bu nedenle erken teşhisin kolaylaştırılması, nüksün azaltılması ve bireyselleştirilmiş hedefe yönelik tedavi seçeneklerinin geliştirilmesine ihtiyaç duyulmaktadır.
Bu alanda yapılan çalışmalar son yıllarda hız kazanmasına rağmen halen yetersizdir. Önceki çalışmaların genellikle formalinle sabitlenmiş parafine gömülü numunelerden yapıldığı gözlenmekte olup, taze tümör dokusu ve primer hücre kültürü çalışmaları kısıtlıdır. Bu proje ile OCSCC’nin moleküler mekanizmasının daha iyi anlaşılması, hedefe yönelik tedavi, tanı ve takipte kullanılabilecek yeni genomik değişikliklerin tespit edilmesi amaçlanmaktadır. Bu araştırma projesine, İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa, Cerrahpaşa Tıp Fakültesi, Kulak Burun Boğaz Anabilim Dalı’na başvuran, 18 yaş üzerinde primer oral kavite kanseri nedeniyle yapılan operasyon sonucu Tıbbi Patoloji Anabilim Dalı tarafından yapılan patolojik incelenmesi sonucunda OCSCC tanısı alan 50 hasta dahil edilecektir. Hastalardan alınan taze tümör dokusu örneği Tıbbi Genetik Anabilim Dalı’na uygun koşullar altında ulaştırılacaktır. Tıbbi Genetik Moleküler Laboratuvarı’nda öncelikle taze tümör dokusu örneği ve periferik kan örneklerine ait genomik değişikliklerin tüm ekzom dizileme ile karşılaştırmalı bir şekilde ortaya konulması amaçlanmaktadır. Ardından saptanan anlamlı değişimler tümör dokusu hücre kültüründen ve periferik kandan izole edilecek cfDNA&eksozomal DNA örneklerinde doğrulanacaktır.
Çalışmamız bu yönüyle taze tümör dokusu, hücre kültürü ve periferik kandan genomik verilerin karşılaştırmalı olarak sunulması ile özgün bir değer taşımaktadır. Ayrıca cerrahi öncesi periferik kan örnekleri ile cerrahi sonrası alınan periferik kan örnekleri ve tümör dokusu hücre kültüründen elde edilen plazma cFDNA&eksozomal DNA verilerininkarşılaştırılması planlanmaktadır. Bu çalışmalardan elde edilecek verilerle OCSCC için kişiye özgü tedavi planlanması ve takipte kullanılacak yeni genetik belirteçlerin saptanması amaçlanmaktadır.
Anahtar Kelimeler: baş boyun kanserleri, oral kavite, tüm ekzom dizileme, eksozom, genomik profilleme, biyobelirteç